他年少时做人家客馆的主管。有一个叫长桑君的客人到客馆来，唯独扁鹊认为他是一个奇人，时常恭敬地对待他。长桑君也知道这个年轻人不是普通人，来来去去有十多年了，一天长桑君叫他和自己坐在一起，悄悄和他说：“我有秘藏的医方，我年老了，想传留给你，你不要泄漏出去。”年轻人这才勉强答应。那好吧。
这段故事就是少年时扁鹊拜师的经历，说来也是奇事，偏偏扁鹊经受住了考验，十年如一日的对待长桑君。也是扁鹊能经受得住考验。心性远非常人可比。
扁鹊四处周游行医，于公元前年来到齐国，蔡桓公就接见了扁鹊。
扁鹊走进屋，见到齐桓公之后，还未搭脉问诊，只是一看，就知道蔡桓公得的是什么病。扁鹊开口便说：“君有疾在腠理，不治将深。”
蔡桓公当然不信了。这病都没仔细看，只是瞧上一眼就能断除病来。无稽之谈。
桓侯答道：“寡人无疾”。
扁鹊离开后，齐桓公对手下说，行医的人有专图利益的，不用太放在心上。又过了五天，扁鹊又来见到桓侯又说：“君有疾在血脉，不治恐深。“桓侯仍答道：“寡人无疾。”他辞出后，桓侯感到很不高兴。过了几天，再看见桓侯时，他又郑重地说：“君有疾在肠胃间，不治将深。”桓侯很不愉快，没有理睬。又过了几天，扁鹊复见桓侯。
这一次扁鹊看见桓侯的脸色，吓得慌忙逃走。桓侯不解便派人追问原因，他说：“疾之居腠理，汤熨之所及；在血脉，针石之所及，在肠胃，酒醪之所及；其在骨髓，虽司命无奈之何，今在骨髓，臣是以无请。”
果然，桓侯病发，派人去请扁鹊治疗，可是他已取道魏国，跑到秦国去了。蔡桓公也终因命入膏肓。无药可救。在病痛中去世。扁鹊几次来看他说，你的病已经很深了，让我来为你诊治吧，更深了，再不治就晚了。可是没人听信扁鹊的话。才造成这样的结果。
几经辗转，时间来到公元前年，到邯郸时，扁鹊听闻当地人尊重妇女，就做治妇女病的医生；到洛阳时，扁鹊听说周人敬爱老人，就做专治耳聋眼花四肢痹痛的医生；到了咸阳，扁鹊又听闻因咸阳比较重视小孩子。所以扁鹊与他的弟子们做了小儿医生。四处云游。悬壶济世。扁鹊的这番作为，也让自己名扬天下。成为无数人尊敬和模仿的对象。
扁鹊来到虢国，虢国王太子患尸厥症(休克)而气息几绝，众人都以为太子已经去世，就不回来了。扁鹊听说这件事以后，便想亲自看看。得到允许后，扁鹊为这位太子做了一个全方位的检查，扁鹊认为太子还能治好。于是他便命令弟子子阳给太子针灸三阳五会穴，过了一会儿，太子便慢慢苏醒过来。众人看太子苏醒后。对扁鹊的医术啧啧称奇，竟能叫将死之人，起死回生。人们认为扁鹊就像是为他们带来吉祥的喜鹊一样，称其为“扁鹊”。
可惜树大招风，名声大了自然会招人妒忌。
秦武王在一次比赛中不小心伤了腰部、疼痛难忍，吃了太医李醯(音西)的药，也没有任何作用，而且变得更加严重。有人将神医扁鹊已来到秦国的事告诉了武王，武王就下诏令请扁鹊进宫给自己看看。扁鹊进宫后看了看，按了按他的脉搏，用力在他的腰间推拿了几下，又让武王自己活动几下，
这一番操作下来。武王顿时感觉身上舒服了不少。扁鹊接着又给开了一副药，无望感觉完全好了。武王大喜，想封扁鹊为太医令。
李醯知道后，担心扁鹊以后在宫中久居，总有一天会超过自己。于是多次在武王面前诋毁扁鹊。说扁鹊不过是乡野之人，哪里懂什么医术，不过是误打误撞出来的名声罢了。武王半信半疑。但还是决定重用扁鹊。
李醯终于还是下决心要除掉这个心腹大患。第一次刺杀时被扁鹊土地发现侥幸逃脱。待到离开秦国以后。他的手下乔装成普通农户在骊山背面的小路将扁鹊杀害。